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또한 황사는 우리 인체에 어떤 영향을 준다. 황사 기간 중엔, 병원을 찾는 호흡기 질환자의 수가 평소보다 20%가량 증가한다. 일교차가 큰 봄철엔 지표면의 공기는 차고 지상의 공기는 따뜻하므로, 대기 중에 있던 황사가 높이 떠오르지 못하고 내려앉아 결국 인체에 영향을 미치게 되는 것이다. 때문에 황사기간 중엔 호흡기 질환자가 크게 늘어난다. 특히 어린이나 노인들에겐 더욱 피해가 크다. 황사 때 대기중의 먼지 농도는 평소의 네 다섯 배에 이르는데, 황사와 같은 미세먼지는 걸러지지 않고 사람의 폐 속으로 직접 들어간다. 그 과정에서 기도를 자극해, 기침이 나게 하거나 가래나 염증을 일으키며, 기관지에 직접 작용해서 기관지 벽을 헐게하고 협착을 일으킨다. 따라서 기도가 좁아져 숨쉬는데 방해가 된다. 한편, 미세먼지는 사망률에도 직접적으로 영향을 미친다. 미세먼지의 농도가 1평방미터당 10마이크로 그램이 늘어남에 따라 1일 사망률이 1%씩는다는 연구도 있다. 최근에는 황사에 다이옥신이 묻어온다는 연구가 보고되기도 했다.