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강교수의 발언 이후 본격적으로 문제시된 강교수의 구속, 불구속 여부를 둘러싼 검찰과 정부의 입장차이와 이에 따른 검찰의 지휘권 발동을 다룬 보도 내용을 분석해 보았다. 검찰의 지휘권 발동에 대해서 조선 (0%), 동아(6%)에서 긍정적인 입장을 조명한 기사는 거의 없었던 반면, 한겨례(62.5%)는 반이 넘는 기사의 내용이 이를 긍정적으로 보고 있어 조선, 동아와는 다른 입장을 보이고 있음을 알 수 있다. 또한 조사대상 신문사 모두가 30~40% 의 중립적인 입장을 취하고 있었는데 경향의 경우 44.5% 의 기사가 중립적인 입장을 다룬 반면 37%의 보도내용이 검찰의 지휘권 발동에 대한 부정적 입장을 보이고 있다는 점이 진보에 축에서 한겨례와 어깨를 나란히 하며 같은 입장을 취하던 이전 분석 결과들과는 달라 눈여겨 볼 만 하다.
지휘권 발동에 대한 부정적인 입장은 노무현 정권이 추진하고 있는 국가보안법 폐지와 관련된 연계성과 천정배 장관의 과거 주장과 상반된 지금의 태도를 두고 말 바꾸기라며 비판하는 내용이 주를 이루고 있었으며, 긍정적 입장으로는 색깔론이 대상이 아닌 법치의 실제적인 구현에 초점을 맞추고 있다.