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청소년 쉼터의 재원은 국가보조금, 지방비, 자체부담으로 구성되어 있다. 대게 국가 보조금이나 지방비는 인건비, 운영비, 사업비 등에 사용되며 건물임대료나 쉼터 공사비 등은 위탁단체가 부담하고 있다. 정부지원이 쉼터 직원의 급여 충당에도 모자라 급여수준이 열악할 뿐만 아니라 근무여건도 열악하여 직원교체가 빈번하다. 재정적 어려움은 가출 청소년 쉼터의 위치에도 영향을 미친다. 이는 청소년 밀집지역에 있어야 할 쉼터가 임대료가 싼 한적한 곳에 있다보니 제대로 기능을 하지 못한다. 또한 청소년 쉼터는 하나의 프로젝트 사업으로 지원받을 뿐 청소년 기본법상 정부의 지원을 지속적으로 받게 되는 기관이 아니기 때문에 한시성을 가지고 있다. 따라서 청소년쉼터가 앞으로도 계속 중앙정부의 지원을 받게 될지는 불투명한 상태이다.