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하지만 위에서 살펴보았듯이 임의분업은 분업에 따른 효과가 작고 분업율 제고 과정에서 당국과 소비자단체, 그리고 병원, 약국, 제약업체 등 관계자들이 많은 정력을 소모해야 한다. 우선 점진적인 변화를 추구함으로써 의약품오남용, 높은 약제비 지출의 형태로 발생하는 국민경제적 비용의 축소를 뒤로 미룸으로써 높은 의료보험료 등으로 국민경제에 부담을 안겨준다. 또 약가차익에 의존하는 병원경영을 장기간 유지토록 함으로써 진료보수체계의 정상화 등 정상적인 의료체계 확립이라는 중요한 개혁작업을 뒤로 미루어 의료기술의 발달을 저해하고 관련 인력배분에 왜곡을 초래한다.
이상에서 살펴본 바와 같이 일본의 임의분업은 실패한 의료정책이다. 국민들의 불편과 조제약국의 부족을 핑계로 의사회가 자신들의 기득이익을 챙기는 과정에서 임의분업이 장기간 지속하였다. 그 결과 지난 30여년간 국민들의 건강이 손상되었고 국민의료비가 빠르게 증가하여 한사람 한사람의 부담이 필요이상으로 높아졌다. 또 비정상적인 수익원이 장기간 존재하여 의료제도가 정상적인 구조로 바뀌지 못한 채 지속되어 왔다. 의사회의 기득이익을 지키려다 일본국민 대다…