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② 공무상 범죄에 관한 문제
공무상 범죄란 미군이 업무를 수행하는 동안 일으킨 혐의 사실을 말하는데, 교통사고나 미 헌병수사대의 한국인 불법 조사행위가 주를 차지한다. 한미행정협정은 미군이 공무집행 중에 범죄행위를 저질렀을 경우 이에 대한 관할권을 미국 측이 갖는다고 명시하고 있다. 여기서 중요한 문제는 공무상의 범죄인지 아닌지를 가리는 것인데 사실상 공무 여부를 가리는 것이 여러 유권해석의 여지를 가지고 있어서 미군당국에 의해 미군의 범죄행위에 대한 면죄부로 오용될 소지를 가진다. 현재 미군 당국이 특정 범죄 사실에 대해 그것이 공무 중에 일어난 것임을 증명하는 `공무집행증명서`를 발행할 경우 한국은 재판권을 상실하는 것으로 되어 있다. 문제는 이 증명서의 발행 권한의 최종적인 주체가 미국이어서 한국측의 의견이 배제될 수 있다는 것이다. 미일행정협정의 경우 `공무집행증명서` 발행의 최종적인 권한이 일본 형사소송법에 의거하는 것으로 정하고 있는데, 이는 발행의 남용에 대해 적절한 대응책이 없는 한국의 협정과는 대조적이다. 따라서 범죄의 공무여부를 가리는 최종적인 근거가 한국 실정법에 의거하는 것을 규정하는 것이 필요하다.
③ 범죄자 신변 확보 및 심문 절차의 문제
미군이나 군속이 범죄를 일으켰을 경우 수사를 위해 이들의 신변을 확보하는 것은 무엇보다도 중요하다. 이는 사건의 정확한 경위 및 범죄 사실을 파악하기 위해 필수적인 요건이기 때문이다. 그러나 한미행정협정은 범죄자의 신변을 최종형이 결정된 이후에야 당사국에 인도한다고 규정하고 있다. 대법원 항소까지 갈 경우 사건심리는 줄잡아 1년 6개월 후에야 종결되고, 그제야 범죄인의 한국 구치소 수감이 가능해진다. 결국 범죄사실 중 많은 부분이 누락될 수밖에 없고 결과적으로 실제의 죄과보다 훨씬 줄어든 형을 사는 경우가 많다.