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양 회계의 차이로 인하여 아래와 같은 문제점이 제기되고 있으며, 세무회계에 의한 회계정보는 기업회계 관점에서 보아 여러 가지의 제약을 받게 되며 또한 세무회계의 기업회계에 대한 간섭은 기업실체에 대한 회계정보의 유용성을 저하시키게 된다. 따라서 기업회계와 세무회계의 차이는 어느 정도 양회계의 독자성을 유지하면서 세무회계가 기업회계에 적용하여 조정되는 방향으로 좁혀져야 할 것으로 보인다.
1. 기업의 경영성과와 재무상태의 왜곡표시
세법에서 별도로 손금으로 규정하고 있는 항목들 중 정규장부에 기장하여야만 세무계산상 손금으로 규정하고 있는 항목들에 대하여는, 기업도 이를 따르지 않을 수 없게 되고, 이에 따라 작성된 재무제표는 기업의 경영성과와 재무상태를 기업회계기준과는 다르게 표시하게 된다. 이로 인하여 그 법인의 재무제표상 경영성과와 재무상태가 왜곡표시 될 수 밖에 없는 것이다.
또한 세무계산 목적에 따라 작성된 재무제표는 기업간·연도간 비교가 곤란하여, 기업의 재무정보를 적정하게 표시하지 못하기 때문에 조세당국이외의 재무제표 이용자에게는 유용한 정보를 제공하지 못할 수도 있다.
2. 조세의 조기징수에 따른 납세자 불이익
자본주의 경제체제하에서 국력은 궁극적으로 기업의 자본축적을 통한 재무구조의 건설화에서 비롯된다고 해도 과언이 아니다. 그럼에도 과세당국이 세원조기확보주의 및 세원최대확보주의에 근거하여 세법을 운용함으로써 기업회계보다 수익을 조기에 인식하거나, 많은 항목의 비용에 대해서 손금산입을 부인하는 등 기업재무구조를 취약하게 하거나, 나아가 기업의 자본축적을 어렵게 할 수가 있다.
기업회계상 명백히 기간비용으로 취급하고 있는 할부 또는 연부매입 자금이자를 자산의 취득원가로 취득하거나 선수금의 간주 매출규정 실질적인 대손상각비의 손금인정 제한 등을 들 수 있다.