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교육개혁을 추진하기 위한 기구인 만큼 개혁정책 연구 작업을 수행할 수 있는 단위인 전문위원회의 강화가 필요하다. 기획운영실은 행정적 지원의 역할을 담당하고, 그에 걸맞게 명칭도 바꾸고, 제시된 정책기획팀, 정책조정팀, 특별위원회 등의 역할은 전문위원회에서 흡수하는 것이 바람직하다. 전문위원회 5개 팀 중 인적자원팀은 개념이 모호하며, 전문위원회 5개 팀의 전체적 조정 및 당면현안 연구 등의 역할을 수행하는 일종의 교육정책 총괄팀으로 대신하는 게 좋겠다.
개혁 방향을 견지하기 위해서는 개혁추진기구의 인적 구성이 중요하다. 각계의 의견을 수렴한다는 명분으로 개혁에 방해되는 인사들을 포함하는 애매한 구성을 지양해야 한다. 자칫 개혁과 보수의 소모적인 논쟁의 장이 될 수도 있기 때문이다.
교육전문가로서의 교사에 대한 인식을 분명히 할 필요가 있다. 따라서, 교육혁신기구 운영과 구성에 있어서나, 이후 교육정책 수립에 있어 교사들의 의견을 중시할 필요가 있다. 학교현장에서 획득한 감각과 문제의식 그리고 해결방안을 기대할 수 있기 때문이다. 교사들의 의견을 조직적으로 책임있게 제출할 수 있는 단체를 중시해야 한다. 단체를 조직하고 있다고 해서 역량에 관계없이 각 단체를 같은 비중으로 평가하고 그 의견을 반영하는 것은 불합리한 일이다. 여러 사람들을 모았지만, 그 구성이 교육에 대한 전문성이 없거나 비개혁적인 경우 결국 교육부의 들러리 기구가 되었음을 명심해야 할 것이다.