Polymerase chain reaction(PCR)

SPLAT법은 STS법으로 polymorphism이 잘 나타나지 않을 때 이용할 수 있다. 즉, 서로 다른 유전자형에서 생긴 각각의 STS 산물 그 자체들이 염기 서열 변이를 탐지하는 template (주형)로 쓰일 수 있다는 것이다. 조금이라도 염기의 차이를 보여 주기만 하면 band 양상이 틀리게 나올 것이고 특이 band는 염기서열 분석을 거쳐 여기에서 얻은 염기 서열은 internal primer를 만드는데 사용되는 재료로 이용될 수 있다. 대개 SPLAT는 우성 인자로 사용된다. 그러나 SPLAT 기법은 경비가 많이 소용되므로 주요 농업 형질과 밀접한 연관이 되어 있는 DNA marker가 찾아진 경우에 국한하여 사용될 수 있다. 일단 염색체 지도상에 위치가 결정되면 이것들은 다른 PCR 인자와 함께 전체 게놈에 걸쳐서 광범위하게 사용될 수 있다.