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금번 지방선거에 경선제가 도입된 것은 대통령후보의 선출이라는 대의명분 하에 지방선거까지 도입하였으나, 문제점이 많이 드러났다. 드러난 문제점으로는 과열현상을 보이면서 공정성의 문제, 여성공천할당제와 위배되는 문제 등을 지적할 수 있다. 특히 여성의 정치참여와 관련하여 금년 3월 국회에서 통과되어진 정당법 31조에 명문화되어있는 지역구 여성후보 30% 할당제 정신이 위배된 상황으로 개선이 요구된다.
6. 13 지방선거에서 나왔던 후보는 기초자치단체장의 경우 민주당에 공천을 신청한 여성후보는 11명, 한나라당의 경우도 10명이었다. 이중 민주당의 기초단체장 출마희망자 11명 중 6명이 당내 경선을 통과하지 못하여 출마의 기회를 잃게 되었고 경선의 어려움이 컸던 3개 지역의 출마포기로 인하여 단 2명의 출마자(이금라, 이영환 후보)가 있었으나 단 한곳도 당선자가 없었다. 한나라당의 경우 단일후보 추대 형식으로 허옥경, 정상수 당선자가 추대되고, 경선에서 떨어진 사람은 과천시장 후보에 도전하였던 김진숙 후보였다. 한나라당의 경우 민주당보다 경선과정에서 여성들이 적게 떨어진 것은 한나라당의 경우 정당법의 광역의회 30% 여성할당제에 근거하여 중앙당 차원에서 여성후보가 출마할 경우 여성후보를 포함한 복수로 후보를 추천하여 중앙당에서 결정할 수 있도록 요청하여 조치를 취한 것이 어느 정도 효과가 있었다.