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그런데 실제로는 이것도 상당히 불안한 형태를 취하고 있다. 11월에 출범한 KOMOCO는 중개기구로서의 면모를 갖추기에는 앞으로 보완해야 할 점이 많이 있다. 우선 자본금 규 모 면에서 비록 정부기금이 출연되기는 했지만 1천억원이라는 자본금은 은행이나 기존 금융기관들과 비교할 경우 대외적 신인도 제고에 문제가 있고, 이 때 보증가능규모도 2조원 수 준으로 제약을 받게 된다.
두번째로는 MBS를 발행할 수 있는 저당대출이 제한적이라는 점이다. KOMOCO는 올 해 2,000억원, 내년 1조 7천억원, 이후 매년 2조원 정도의 주택저당채권을 매입하여 발행할 예정이다. 그런데 민영대출기관들이 가장 양호한 채권인 주택담보대출을 현단계에서 유동 화시킬 지는 미지수다. 오히려 건교부에서 재원조달에 어려움을 겪고 있는 주택기금을 확충하기 위해 주택기금대출채권을 유동화시킬 가능성이 높다. 이것은 IMF 위기 이후 축소되고 있는 기금을 확충하여 정부의 주택정책을 활성화하는 데 도움을 줄 수 있을 것이다.
그렇지만 이 경우 주택기금대출 이자율이 상대적으로 낮은 수준이기 때문에 MBS 발 행 시 투자자에게 매각하기 어려울 수 있다는 문제점이 있다. 그리고 만약 이를 보전하기 위해 이차보전과 같은 일이 벌어진다면 재정부담이 커질 수 있고, 이 경우 사실상 불완전한 제도라고 비판받을 가능성도 있다. 따라서 KOMOCO의 입장에서는 사회적인 주택수요확충 요구와 수익성 확보를 통한 경쟁력 제고라는 문제를 동시에 해결해야 되는 어려움에 직면해 있다고 할 수 있다.