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한국인의 이러한 요청에 맞춰서 개신교계 학교는 한국민을 계몽하고 실력을 키우는데 중요한 역할을 하게 된다. 비록 설립은 선교사들이 했지만, 학교에서 한국민에게 적합한 교육을 함으로써 자유인의 교육과 실력있는 한국민을 만들려고 했다. 이는 고등 교육기관이었던 배재학당의 건학이념을 살펴보면 잘 알 수 있을 것이다. 배재학당의 설립자인 아펜젤러의 말을 인용하면 「우리는 통역관을 양성하거나 우리 학교의 일꾼을 기르려는 것이 아니라 자유의 교육을 받은 사람을 내보내려는 것이라」라고 한다. 즉, 배재학당의 교육을 통해서 과거의 유가적, 전제적 의식을 바꾸어 민주주의적, 인간주의적, 자유주의적 교육을 표방하고 있다. 또한 우리 나라의 고유한 사상 위에 근대적 지식과 과학을 배워 교회와 국가에 봉사할 수 있는 지도자를 육성하고자 했다. 배재중·고등학교(1965). 『배재팔십년사』. p. 107.
이를 위하여 배재학당은 근대 지식을 빨리 흡수할 수 있도록 도와주는 영어 교육을 강화했으며, 교육 내용 및 강사진을 강화하여 좀더 나은 지식을 전달하고자 했다. 이를 위하여 미국의 서적 회사에 교과서를 주문하여 사용한 흔적을 찾아볼 수 있다. 류승국(1984). 한국 신교육의 발전연구. 서울:한국정신문화연구원, pp. 86~87.
이러한 배재 교육을 통해 배출된 인재들이 후일 독립협회 등에서 한국 초기 근대화 운동 및 항일 독립운동에서도 선구자적 역할을 하게 되었다. 개신교계 고등교육을 통해 한국인이 자립하고 스스로 한국의 정신적 지도자가 될 수 있는 길이 열렸다고 할 수 있지 않을까 싶다.