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이 과정이 염색체 개체가 각각 서로 섞이는 과정이라면 짝짓기 과정에서 또 하나의 과정은 한 염색체 내의 함께 있는 유전자들의 일부를 상대방 상동염색체의 유전자와 바꾸는 과정이 있다.
이 과정은 염색체의 교차라 한다. 이 경우 서로 같은 유형의 상동염색체 끼리 만나서 각자의 몸의 일부를 서로 교차시켜 바꾸는 것이다.
상동염색체들 끼리 서로 대응되는 일정 부위에서 몸의 일부를 서로의 바꾸는 것이다. 이때 반드시 서로 대응하는 대립유전자 좌위에서 몸을 떼어 바꾼다.
불균등 염색체의 교차는 큰 문제를 일으킨다. 즉 염색체의 균형을 깨뜨리므로 다음 분열에서 아주 복잡한 문제를 야기한다. 그러므로 교차시는 두 상동염색체의 아주 똑같은 위치에서 교차가 일어나야 한다.
교차는 같은 염색체내의 유전자들이 항상 같이 움직이게 되는 불합리성을 극복하는 수단이다. 즉 어떤 염색체에 좋은 유전자와 나쁜 유전자가 함께 자리하고 있을 때 만약 이러한 기작이 없다면 이 두유전자는 절대 분리될 수 없고 항상 같이 행동하게 되나 이러한 교환이 일어나므로 좋은유전자/좋은 유전자, 나쁜유전자/나쁜유전자, 나쁜유전자/좋은유전자 등의 조합이 생겨 생존에 유리한 유전조합을 만들 수 있다.