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국세청의 주식매입선택권에 대한 세원관리지침(1999년5월24일)에 의하면 주식매입선택권을 부여받은 임직원이 동 주식매입선택권을 행사한 경우 그 행사가와 시가와의 차액인 주식매입선택권 행사이익을 법인세법 제52조의 규정에 의해 익금에 산입하고 법인세법 시행령 제106조의 규정에 의해 상여로 처분하도록 하고 있다. 즉, 주식매입선택권이익에 대해 법인세법 제52조의 규정을 적용한다는 것인데 동 규정의 내용은 부당행위계산의 부인에 관한 것으로, 법인이 세법상 부당행위계산부인의 규정을 적용받으면 회사는 소득금액 계산상 익금에 산입하여 법인세를 더 부담하여야 하고 그 익금에 산입된 소득을 처분받은 자도 또한 그에 대한 소득세등을 부담하여야 하므로 부당행위계산부인의 규정을 적용받으면 이중으로 세금을 부담한다.