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인터넷 전자상거래의 가장 주요한 과제 중의 하나가 조세문제이다. 인터넷 전자상거래 상에서 인도되는 물품에 대해 관세를 부과하느냐 하지 않느냐가 커다란 문제이다. 관세를 부과한다면 어떤 물품에 대해 관세를 부과해야 하는 가도 국제적으로 주요한 쟁점이다. 그리고 소득세, 부가가치세, 판매세 따위도 어느 나라에 납부해야 하는 가도 해결되어야 할 중요한 과제 중의 하나이다. 조세관할권 행사는 국제적으로 주요한 논쟁거리이다. 온라인(On-line)으로 인도되는 디지털제품에 대해서는 일반적으로 관세를 부과하지 않도록 하는 것이 각 국에서 받아들여지고 있다. 그것은 다운로드(Download)방식으로 거래되는 물품에 대해서는 무관세화하는 조치다.
그러나 미국은 인터넷 전자상거래로 인도되는 모든 물품에 대해 관세를 부과하지 말고 또한 이 거래에 대한 내국세에 대해서도 조세를 부과하지 않도록 주장하고 있다. 이에 대해 한국을 비롯한 EU 국가들은 반대입장을 취하고 있다. 그 이유는 이들 나라들이 징수하는 관세, 부가가치세, 판매세 등이 국가재정 수입에 압도적 비중을 차지하고 있기 때문이다. 한국은 정보화 촉진 기본법에 의해 통상산업부가 전자상거래 관련정책을 총괄하는데 정부내 정보화는 총무처가, 암호화 전자서명 등 정보보호는 안기부, 전자화폐는 한국은행이, 초고속 정보통신망 구축 요소기술개발 및 표준화는 정통부가 맡아서 추진하고 있다. 사이버 쇼핑몰(Cyber Shopping Mall)에서 이루어지는 각종 거래에 대해 세금을 매겨 이를 징수한다는 것은 어지간히 어려운 문제가 아니다. 왜냐하면, 예컨대 한국의 소비자가 법적으로 미국의 전자상거래업체로부터 컴퓨터를 구입했을 때 그 계약이 체결된 서버(Server)는 캐나다에 있을지도 모르며 컴퓨터는 다른 어느 나라에 있을 수도 있기 때문에 이 경우에 어느 나라가 세금을 어떻게 받을 것인가 하는 것은 쉽지 않기 때문이다.
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