게놈연구로 보는 21세기 생명과학-게놈에서 Interactome으로

단백질 간의 상호작용 해석은 크게 두 종류로 나눌 수 있다. 하나는 효모 two-hybrid 법(Y2H), phage display법, RNA-peptide법 등 핵산을 이용하여 그 결과를 얻는 방법이고 또 하나는 면역침강법 등으로 affinity capture 복합체의 구성 성분을 질량 분석법으로 동정하는 방법이다. 전자는 게놈이 코드할 수 있는 단백질을 모두 발현시켜 그 상호작용 가능성을 binary mode를 기본으로 해석하는 것으로 bottom up 또는 게놈적인 접근 방법이라고 한다. 후자는 실제의 proteome에 가까운 형태로 해석하는 것으로, top down 또는 proteome 적인 접근방법이라고 한다. 현재 실질적으로 조직적인 해석을 한 경우는 출아효모를 대상으로 two-hybrid 해석을 한 필자의 그룹과 CuraGen사가 있다5), 6). 이 연구의 흐름을 간단히 소개하겠다(그림 3). 먼저 효모 6000 ORF(open reading frame)을 각각 Y2H의 bait와 prey로 cloning하여, 각각을 접합형이 다른 주에 도입하여 clone을 제작한다. 다음에 각각을 pooling하여 pool 간에 접합을 실시하여 Y2H를 선택한다. 선택한 clone을 tag sequence를 이용하여 상호작용정보를 얻는다. 이러한 해석으로 저자는 4500 정도, CuraGen사는 700에 가까운 상호작용을 검출하였다. 그러나 두 결과에서 공통된 부분은 190 정도에 불과하며, 이는 screening의 깊이, construct의 차이 등 여러 가지 요인을 들 수 있으며, 단독 Y2H 방법의 한계로 두 개의 데이터를 상보적으로 통합해서 생각해야 한다. 이러한 해석 결과로 얻어진 방대한 상호작용 데이터에서 무엇을 얻을 수 있을까? 「X는 Y에그림 3. 전체적 효모 two-hybrid 해석의 예 Bait 및 prey로 게놈 중의 각 유전자를 발현하는 clone을 접합형이 다른 주를 이용하여 …
Bait 및 prey로 게놈…