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시민운동단체들이 이러한 외적 성장에 비해 내적으로는 운영의 비민주성, 전략적 계획의 미비, 재정의 빈곤 등으로 안정된 조직 운영에 어려움을 겪고 있다. 특히 재정의 빈곤은 한국 NGO의 정체성 유지와 발전이라는 측면에서 매우 중대한 문제이다. 더군다나 1997년 말 갑작스럽게 찾아온 IMF 사태의 영향은 한국경제의 침체와 함께 시민단체들의 운영에도 부정적 영향을 미치게 되었다.
선진국의 비정부단체들의 경우 국가나 기업, 재단으로부터의 지원보다 시민들로부터의 모금활동을 통한 세입이 더 많은 부분을 차지하고 있다. 이는 시민단체의 성격이 비정부기구로서 자발적인 운동의 성격이 강하므로 지나치게 정부나 외부 단체의 지원에 의지하기보다는 자체의 모금활동을 통해 자생력을 강화하는 것이 바람직한 현상이라고 할 수 있다.
1998년 시민운동지원기금이 우리 나라의 대표적인 시민사회단체의 재정상태를 조사한 결과 대부분의 시민사회단체들은 재정적 압박으로 조직운영의 어려움을 겪고 있었다. 상근자들에 대한 대우와 근무환경은 매우 열악하여 장기적인 발전전망을 기대하기 힘든 상태였다. 더욱이 문제가 되는 것은 몇몇 대규모의 단체들을 제외하고는 재정적인 문제를 느끼면서도 이를 해결하기 위한 구체적인 노력이나 대안이 마련되있지 않다는 점이다.
이러한 현실을 인정하면서도 대부분의 시민사회단체들이 정부나 기업으로부터의 지원보다는 시민으로부터 재정을 마련해야한다는 원칙에 공감하고 있다는 사실은 다행이라고 생각한다. 최근에 행자부를 중심으로 정부부처의 시민운동지원기금이 지원되고 있으나 기금의 성격이나 지원금액을 볼 때 시민단체들에게 큰 도움이 되지 않는다고 본다. 시민사회단체들이 건강해지기 위해서는 운동을 위한 기본적인 예산이 시민들의 후원으로 이루어져야 한다. 이러한 원칙을 전제로 시민사회단체들의 모금과 후원자관리는 재정확보를 위한 주요한 과제라 할 수 있다.