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(1) 정부 산하 기관의 비대화
그 동안 정부 각 부처는 경쟁이나 하듯 산하기관을 늘려 왔다. 그 결과 현재 산하기관이 없는 정부 부처가 없고, 이제는 그 숫자가 너무 늘어나 거의 관리 불가능의 상태에 있다. 하지만 정부 어느 부처에서도 산하기관에 대한 전반적인 관리책임을 맡고 있는 곳은 없다. 따라서 정부산하에 몇 개의 기관이 있고, 어떤 일을 하고 있으며, 얼마만한 예산과 인력이 사용되고 있는지, 관리 실태는 어떤지에 대한 전반적인 파악이 사실상 안 되고 있다. 학계에서 발표되는 연구 보고서의 통계도 제 각각이다. 그만큼 정부 산하기관이 비대해졌다는 얘기다.
정부 산하 기관의 비대화가 문제가 되는 가장 큰 이유는 관리·감독의 부실과 비효율성 두 가지를 들수 있다. 먼저 관리·감독의 부실측면을 살펴보자. 정부 산하기관은 정부의 비호하에 독점적 지위를 누리고 있고, 이 들 중 상당부분은 정부의 예산을 사용하고 있는 점에 반해 이에 상응하는 관리와 감독은 철저히 이루어지지 않고 있다. 어떤 면에서 보호되고 있다고 할 수 있다. 정규 정부기관은 늘 언론의 감시대상이 되고, 감사의 표적이 되고 있으나 정부 산하기관은 그렇지가 못하다. 어떻게 보면 사각지대에 있다고 할 수 있다. 감독권을 갖고 있는 주관부처도 여러 가지 이해관계 때문에 관리를 철저히 하지 못하고 있다.
현 실태를 보면, 정작 감독을 해야 할 영역에 대해서는 과다하게 간섭하고 있다. 핵심적인 부문에 손을 못 대고 있는 것이다. 정부출연 연구소의 경우, 연구주제의 선정이나 연구결과의 발표에 있어 정부로부터 상당한 규제를 받는다. 연구결과를 발표는 경우, 정부정책에 반하거나 정부의 문제점을 드러내는 연구결과는 발표가 보류되는 경우가 많다. 간단한 저널을 출간하는 데 있어서도 출판물에 기고될 원고의 내용을 미리 주관 부처에 보여 줘서 사전심사를 받아야 한다. 이외에도 연구 활동을 위축시키는 규제나 간섭이 대단히 심하다.
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