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과학기술회의는 일본정부가 과학기술정책을 종합적으로 추진하기 위하여 1959년 2월에 과학기술회의설치법에 근거하여 수상의 자문기관으로 총리부에 설치되었다. 이는 과학기술청이 설치(1956)된 지 3년 후의 일로써 우리 나라나 미국과 비교할 때 상당히 일찍부터 정책종합심의조정기구를 활용해 온 것이다. 현재 약 40년의 운영역사를 지니고 있다.
과학기술회의가 신설된 초기 배경에는 오늘날과는 다른 일본의 독특한 사정이 있었다. 과학기술청이 신설되기 이전까지 당시의 과학기술정책은 주로 문부성과 통산성이 주도하고 있었다. 과학기술청이 신설된 후에도 국가의 과학기술정책체계는 종합적인 관점에서 추진되지 못하고 특히 과기청과 문부성으로 이원화되어 대립적인 양상을 띄어 온 점이 크게 문제되었다. 이에 과학기술청 스스로 “과학기술위원회”의 설치를 강력히 주장하였다.
이에 대해 기존의 가장 강력했던 정책건의기구인 일본학술회의(학계중심)측에서 반발이 심했으며, 각 성청에서도 자기들의 전관(專管)사항에 대한 개입 우려때문에 반대의견이 심하였다. 그러나 결국 대학에 학문의 자유를 존중한다는 것과, 관계 각 성청의 전관사항만을 대…