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가마쿠라를 무너뜨린 천황은 천황 중심의 새로운 정치를 시작했지만 오래가지 못했다. 막부를 무너뜨렸을 때 가장 유력한 무장이었던 아시카가타카우지(족리존씨)가 반란을 일으켜, 교토의 무로마치에 막부를 세워 정치를 시작했던 것이다. 이 막부를 무로마치 막부라 하고, 이 시대를 무로마치시대(1338-1573)라고 한다. 이 시대는 약 240년간 계속되었는데, 사회는 안정되지 않았다. 아시카가에게 권력을 빼앗긴 천황이 자신이 정통 천황이라고 주장하는 한편(남조), 교토에도 새로운 천황이 생겼다(북조). 이 두 조정이 대립한 남북조의 싸움이 57년간이나 계속되었다.