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조선 전기의 사림파를 계승하여 조선 정계 · 학계를 장악하는 산림을 중심으로 하는 주자 학계는 조선사회를 이끌어가게 되고 조선사회의 지도 이념으로서 조선주자학을 발전시키는 역할을 수행하였다. 이들은 이 단계에서 이미 정치적 이념이나 학문관의 차이로 인한 붕당간의 대립을 가져 오지만 이미 이것은 조선주학자들이 구현 하고자 하였던 학문정치의 이념이나, 정통 · 이단 · 군자 · 소인을 엄격하게 분별하는 주자학적 명분론의 속성으로부터 예정됬??일이기도 하였다. 그리하여 퇴계 · 율곡 이후 뚜렷이 그 계통을 달리 하였던 노론 · 소론 · 남인의 각 정파 · 학파의 학풍과 학통 전승과정에서는 당시의 조선 사회의 변화 과정이 어떤 식으로든 반영 되었을 것이다.
우선 퇴계 · 남명 그리고 서경덕의 문하 학자로 구성되었던 동인 학자들의 경우, 남북분당을 거쳐 광해군의 대북정권의 몰락 이후에는 북인계열 학자들까지도 퇴계의 적통 계승을 표방하는 남인학파로 결집되어가기에 이른다. 하지만 1695년 갑술환국 이후 서인으로부터 결정적 타격을 입고 정계의 주도권을 상실하게 되자, 영남의 향촌 근거지로 완전히 밀려난 영남남인 세력은 경 · 향 분기의 사회 추세와 경 · 향 학계분기의 한 극단에 서서 정통 주자학을 고수하는 것이 불가피 하였다. 집권 노론학자들조차도 무시할 수 없는 절대적 권위의 퇴계학풍과 학통으로부터 이들의 존립 기반이었고 또 향촌사회 내의 위세를 보장 받는 길이었다.