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(2) 운영상의 문제점과 개선방향
산재보험은 위의 형성과정에서 살펴본 바와 같이 보험 적용대상 업종, 보험 적용대상자등이 지속적으로 확대되어왔다. 그러나 아직도 산재보험의 대상에는 비정규직 근로자, 영세 사업장, 관리체계상의 어려움을 가진 업종은 산재보험 적용 대상에서 제외되고 있다. 현재 전 국민에게 연금보험과 의료보험을 적용하면서도 재해발생률이 높은 영세사업장을 방치하는 것은 사회보장제도의 근본적 목적과는 부합되지 않는다고 할 수 있다. 게다가 우리나라의 근로자로 해외취업을 하는 해외취업근로자의 경우도 산업보험이 적용되지 않고 있어 민간 보험회사가 근재보험으로 인수하고 있다. 이는 해외건설업자가 높은 보험료의 부담을 기피할 목적으로 임금의 일부에 대해서만 보험에 가입시키고 있기 때문에 근로자가 사망할 경우 완전한 보상을 받지 못하고 있는 실정이다. 또한 선원에 대해서는 산재보험과 별도로 선원보험법(1962)이 있으나 사문화되어 있고 1970년대부터는 해외근로자의 경우처럼 민간기업의 선원근재보험, 또는 한국해운조합의 선원공제와 같은 불완전한 보상 제도를 이용하고 있는 실정이다.
또한 산재보험은 현재 일반 근로자를 기준으로 획일적으로 운영되고 있다. 예컨대 특수직종인 석탄근로자의 경우 진폐증재해에 대한 보상이 불안전하다. 이러한 특수사정을 고려하여 배상제도의 검토가 필요하다. 또한 정부는 그 동안 산업재해의 급부에 대한 개선조치를 하였으나 국제수준과 비교하여 볼 때, 우리나라 기업은 재해발생률이 높고 보상수준은 낮은 편이다. 따라서 보험료율의 조정과 더불어 보상수준을 높여나가야 할 것이다. 그런데 현재의 우리나라 산재보험료율체계는 업종별로 보험료율의 차이가 너무 심하여 공평성이 결여되어 있다. 또한 연금급여자의 증가로 순 부과방식을 채택하고 있는 현재의 재정체계로는 재정불안정과 세대 간 불공평성이 야기될 수 있다. 이러한 재정의 불안정을 막기 위하여 급여가운데 장애급여는 의료보험, 유족급여는 국민연금과 연계하여 볼 수 있을 것이다.