DNA증폭법

3. Annealing Single strand로 풀어진 templates에 primer가 각각의 상보적인 sequence를 찾아서 biding하는 과정으로 binding, annealing, hybridization등 다양한 용어로 부른다. PCR의 최종적인 sensitivity와 specificity를 결정하는 제일 중요한 과정이다. Primer는 templates 같은 긴 DNA와는 달리 보통 15 bps이상 30bps이하의 oligonucleotide를 사용하는데 이런 짧은 DNA의 hybridization temperature를 결정하는 데에는 length, GC content, pH, salt concentration등 여러 요소가 영향을 미친다. 이 과정에서 primer가 biding하여 free 3ꡑ end를 제공하면 여기서 polymerase가 chain extension을 시작한다. 실제로는 PCR에 사용하는 Taq polymerase의 활성 온도 이상의 annealing temperature를 가지는 primer는 사용할 수 없다. 4. Extension Taq polymerase가 primer의 3ꡑend의 free OH기를 시작점으로 해서 single strand template의 상보적인 dNTP를 가져와서 붙여 나가며 chain extension을 시행한다. 처음 cycle에서는 template를 기준으로 합성이 되므로 target sequence와는 상관없이 3ꡑ방향으로 60 bps/sec의 속도로 계속 합성이 되어 나간다. 이론적으로는 template의 5` end까지 합성이 되어 나갈 수 있지만 extension time이 무한대가 아니므로 다음 cycle의 denaturation step까지 합성이 된다. 보통 500bps 이하의 size는 20초면 충분한 extension이 되는 것으로 알려져 있다. II. Second Cycle 1. Final products of first …
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