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지하철 및 도시철도의 운영개선을 위한 논의는 지하철 부채의 해결방안으로 집중될 수밖에 없는데, 이러한 논란의 요체는 중앙정부와 자치단체 및 운영주체인 지하철 공사 사이에 지하철 부채에 대한 책임을 어떻게 배분할 것인가에 관한 것이라고 할 수 있다.
이와 관련하여 서울시는 지하철 및 도시철도의 운영개선을 위한 부채관리대책을 마련하였다. 이에 따르면, 서울시는 4조 9,9932억원(2002년말 추정)에 달하는 건설부채를 정부와의 공동 책임하에 2006년까지 2조 4,932억원으로 감축할 계획이다. 또한 운영부채는 공사의 경영개선과 2년마다 100원씩 요금을 인상함으로써 양 공사가 스스로 해소하도록 할 방침이다. 이러한 서울시의 부채관리대책의 핵심은 지하철 부채의 책임을 정부와 서울시 및 지하철과 도시철도 공사, 시민들에게 공동으로 부담시키는데 있다. 서울시 부채관리대책은 지하철 부채에 대한 정부지원과 요금정책의 선례가 될 수 있다는 점에서 그 중요성이 매우 크기 때문에 다음과 같은 문제점을 검토할 필요가 있다.
첫째는 자치단체가 설립 운영하는 지하철 사업의 부채를 정부재정에서 지원하는데 따르는 지역간 형평성 문제이다. 지하철 및 도시철도의 건설 및 운영에 따르는 편익의 수혜자는 해당 지역주민들이기 때문에 이에 소요되는 재원도 해당 자치단체의 재원으로 충당하는 것이 당연하다. 따라서 중앙정부가 일반 국민들의 세금으로 지하철 및 도시철도의 재정을 지원하는 것은 수익자부담의 원칙에 부합하지 않으며, 지하철을 운영하지 않은 지역의 입장에서는 상대적으로 역차별을 받는 결과가 될 수 있다.
이와 관련하여 지방자치제가 본격화되면서 자치단체의 재정상태에 따라서 공공서비스에도 많은 차이가 나타나고 있음에 주목할 필요가 있다. 지하철을 운영하는