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비행기광인 미야자키 하야오가 본격적으로 하늘 위에서의 모험을 소재로 삼아 제작한 작품. 미야자키 취향으로 디자인된 복고풍의 비행선들과 메카들이 다수 등장하며, 라퓨타 제국의 후계자인 시타와 슬러그 계곡의 탄광촌에 사는 견습 기계공 파즈를 중심축으로 광활한 모험 환타지가 전개된다. 첨단과학의 결정체적 존재인 라퓨타를 통해 미야자키는 과학의 위험을 말하지만 사용주체인 `인간`에게 더 많은 결정 가능성을 부여하며 희망을 남기고 인류문화의 이중성과 부조리에 대한 지적을 담은 작품이기도 한 공중의 성 라퓨타는 지역과 시대를 알 수 없는 어느 날 밤, 구름 속을 가르며 날아가는 거대한 비행선이 공중해적 도라일당에게 습격받는다. 이 배에는 정부 비밀조사기관의 무스카에게 연행되는 중인 소녀 시타가 타고 있었고, 도라는 그녀의 비행석을 보석으로 알고 노리고 있었다. 습격의 혼란을 틈타 도망치려는 시타. 매에서 실족하여 추락하지만, 비행석의 힘에 의해 보호받으며 지상에 도달한 시타는 탄광촌에서 일하는 견습기계공 파즈의 도움으로 도라 일당과 무스카를 따돌인다. 지하갱도에서 노인을 만나 라퓨타의 존재를 확신하게 된 파즈는, 시타와 함께 라퓨타를 찾기로 결심한다. 그의 아버지는 아무도 믿어주지 않는 라퓨타를 찾다가 세상을 떠났던 것이다. 그러나 곧바로 라퓨타를 추적 중인 무스카에게 시타를 빼앗기고 만다. 무스카로부터 비행석과 자신의 출생에 대한 비밀을 알게 된 시타는, 서로 협상을 맺은 도라와 파즈의 도움으로 탈출한다. 군대의 뒤를 쫓아 도라와 함께 라퓨타로 향하는 시타와 파즈.