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`반딧불의 묘`만큼 논란거리가 많은 만화도 없을 것이다. 또한 이 만화만큼 `훌륭하다`라는 평판과 `최악이다`라는 평판이 공존하는 만화도 드물 것이다. 만화가 박수동은 `너무 슬퍼 두 번 볼 수 없는 만화`라 했고, 어떤 네티즌은 `군국주의 일본의 반성이 없는 작품`이라고도 하였다.
만화는 자신이 죽었다는 주인공 세이타의 멘트로 시작된다. 역에서 서서히 죽어 가는 자신의 모습을 지켜보는 주인공 세이타의 영혼의 독백과 함께 영화는 그 영혼이 어린 동생 영혼과 자신의 흔적을 훑어 나가는 형식으로 영화는 시작된다. 고베 시의 한 역에 한 소년이 죽어있다. 세이타 이다. 이야기는 고베에 대 공습이 있던 날로 거슬러 올라간다. 집을 다 정리하고 먹을 식량을 땅에 묻고 난 후에 세이타와 여동생 세츠코는 겨우 피할 수 있었으나 어머니는 전신에 심한 화상을 입고 그 다음날 결국 숨을 거두고 만다. 집은 불타고 어머니까지 잃은 두 남매는 친척 아주머니의 집을 찾아가나 시간이 지나면서 점차 그들은 밥만 축내는 등의 이유로 냉대를 받게 되고, 먹을 식량이 없어 어머니의 옷인 키모노를 쌀로 바꾸기도 하다가 결국은 집을 나와 근처에 있는 어두운 방공호 속에서 둘만의 생활을 시작하게 된다. 그들은 방공호 앞의 연못에서 춤추고 있는 반딧불을 잡아서 방공호 안에 걸어둔 모기장 속으로 풀어놓는다. 수백마리의 반딧불에서 나오는 하얗고 푸른빛이 남매의 얼굴을 환상적으로 비춘다. 그러나 다음날 반딧불은 모두 죽어버리고, 세츠코는 반딧불을 묻으며 중얼 거린다. `이건 반딧불 묘지야. 엄마도 묘지에 들어갔어`라는 말을 한다. 방공호 생활로 음식도 별로 먹지 못하고 하다가 세츠코는 중병에 걸린다. 나날이 수척해지는 세츠코에게 밥을 먹이기 위해 공습사이렌이 울리고 소이탄이 쏟아지는 거리를 뛰어 돌아다니며 사람들이 방호로 피할 때를 노려, 죽음을 무릅쓰고 빈집에 숨어 들어가 식량과 옷들을 계속 훔친다.