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현행 수능시험의 과학탐구영역 평가에서 심각한 문제 중의 하나는 난이도의 문제이다. 2000년도 시험결과 과학탐구영역의 평균 정답률이 인문계의 경우 69.6%, 자연계의 경우 71.7%나 되었다. 전체 수능시험의 평균 정답률 62.4%보다도 높은 과학탐구영역의 정답률은 시험문제를 너무 쉽게 출제한데 기인한다. 수험생의 과외를 방지하기 위해 수능시험을 쉽게 출제한다는 엉뚱한 발상 때문에 수능시험의 가장 중요한 기능인 변별력이 크게 떨어지고 있다. 특히 자연계 학생들의 경우 고득점자의 비율이 매우 높아 수능성적이 우수대학 지원 학생들을 제대로 변별해주지 못하고 있다.
더욱이 과학탐구에서 자연계의 경우 전체 문항의 3분의 1을 물리II, 화학II, 생물II, 지구과학II 중에서 선택하여 출제하게 되어있고, 이들 과목에서 경쟁적으로 쉬운 문제를 내고 있어 평가가 부실해진다. 물론 표준점수제를 도입하여 이 문제를 부분적으로 해결하고 있으나 쉬운 문제내기 전통은 아직도 이어지고 있다. 만일 과학탐구영역의 평가가 수능시험 본래의 성격인 통합교과적 소재를 바탕으로 사고력을 측정하는 문제를 출제한다면 과학과목 선택의 문제가 자연스럽게 해결될 것처럼 보인다. 그러나 물리II, 화학II, 생물II 및 지구과학II가 독립된 과목으로 서로 다른 교사에 의해 지도되고 있는 현 상황에서 과연 통합적 소재의 평가문항을 누가 제작할 수 있을 것인가 하는 현실적 상황을 직시할 필요가 있다.
마지막으로 과학탐구영역 평가의 출제자에 관련된 문제를 지적하지 않을 수 없다. 과학지식이 아니고 과학탐구능력을 평가한다는 수능시험의 출제를 과학탐구의 본질을 연구하거나 지도해보지 아니한 대학교수들을 몇 시간의 오리엔테이션을 거쳐 출제에 투입하는 것은 무리가 있다. 따라서 한국과학교육학회 등에서 과학탐구능력 출제 워크숍을 실시하고, 이러한 과정을 이수한 사람들 중에서 출제 위원을 위촉하는 등의 대책 마련이 요구된다.