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그러나 아직까지도 고대사에서 임나일본부설을 간접적으로 서술(東京書籍, 大阪書籍)하고 있거나 근대사 부분에서도 사실들을 평면적으로 나열하거나 특정 사실을 의도적으로 누락시킴으로써, 일본 제국주의의 침략상을 축소시키는 등 여전히 오해의 소지가 아직도 많이 남아 있다. 또한 동일한 주제라도 교과서 저자들의 시각이 다르기 때문에 출판사별로도 서술의 차이가 많이 나타나고 있다.
특히, `모임`측에서 검정을 신청하여 합격한 후쇼샤(扶桑社) 중학교 사회(역사)교과서는 철저하게 일본의 역사를 미화하고 있는 반면에 일본과 관련된 다른 나라의 역사는 부정적으로 기술하고 있다. 고대부터 현대까지 일본사를 미화하기 위하여 비교 대상으로서 한국사를 폄하하고 있다. 예를 들어 한국사를 언급할 때는 조공·종속·복속국·속국·종주권 등의 용어를 자주 사용하고 있다. 또한 일본에게 불리하거나 부정적인 사실에 대해서는 기술하지 않고 있다. 그 예로 강화도 사건이나 한국강점(한국병합)의 원인이 마치 한국측에 있는 것처럼 서술하고 있다. 일본이 한국 등 타국에 입힌 피해를 축소 내지 은폐하고 있다. 뿐만아니라 이 교과서는 일본이 침략 전쟁을 수행하면서 저지른 만행이나 식민지 지배에서 다른 나라 사람들에게 입힌 피해상에 대해서는 거의 언급하지 않고 있다. 왜구 침탈·임진왜란·제암리 학살 등을 누락시킨 것이 대표적인 예이다.