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소크라테스는 세 가지 기본적인 철학적 문제에 대해서 대부분의 동요 아테네인들과 일반적인 고대 그리스인들과는 너무 근본적인 차이가 났기 때문에 조국 아테네와 대립되기 시작했다. 이런 차이점들은 평범한 사람들과 관련이 없는 단지 추상적인 것이 아니라 아테네인들이 누리고 있던 자치 정부의 기초에 도전하는 것들이었다. 가장 기본적인 첫 번째 불일치는 인간 공동체의 본질에 대한 것이었다. 이 인간 공동체란 그리스인들이 불렀던 것처럼 폴리스, 즉 자유 도시였는가 아니면 소크라테스가 자주 말했듯이 양떼와 같은 집단이었는가 살펴볼 필요가 있다. 그리스인들이 보기에 폴리스는 다른 인간 공동체 형태들과는 구별되는 특수한 성질을 가지고 있었다. 그것은 아리스토텔레스가 말했듯이 가부장제의 가족, 군주제, 주인 제도 등과 같은 공동체의 초기 양식들과 구별되는 `자유인의 공동체`였다. 폴리스는 자율적으로 통치되었고 지배받는 자가 곧 지배하는 자이기도 했다. 아리스토텔레스가 묘사했듯이, 시민들은 `번갈아 가면서 통치하고 통치 받았다.` 시민권에 제한을 두었던 과두정에서건, 자유인으로 태어난 모든 성인 남자가 시민이었던 아테네와 같은 민주정에서건, 주요한 관직은 선출로 채워졌지만 그 밖의 많은 관직은 모든 시민들에게 정치에 참여할 동등한 기회를 주기 위해 추첨으로 채워졌다.
모든 시민은 법률이 제정되는 민회에서 발언하고 투표할 권리가 있었고 법률이 적용되고 해석되는 법정에서 배심원이 될 권리가 있었다. 이런 점들은 기원전 4세기에 아리스토텔레스가 서술하기 오래 전부터 존재했던 그리스 정치의 기본적인 특징이었다. 따라서 이런 것들이 소크라테스가 살았던 시기의 아테네인들의 삶을 지배했으며, 바로 이 같은 기본 전제들에 대해 소크라테스와 그의 제자들은 동의하지 않았던 것이다.