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구조조정 과정에서 다양한 노동문제가 발생할 수 있다. 무엇보다도 가장 큰 관심은 고용문제에 집중된다. 경제학의 기초이론에서 알 수 있듯이 노동력은 생산요소(투입)이고 따라서 노동수요는 산출물의 수요가 있어야만 비로소 존재하는 파생수요(derived demand)이다. 때문에 첫째, 파산(청산) 방식의 기업퇴출은 산출물 수요가 갑자기 소멸되는 것을 의미하므로 근로자의 실업문제를 야기할 수밖에 없다. 둘째, 경영악화의 위기를 탈출하기 위한 구조조정의 경우, 혹은 경쟁력 제고를 목적으로 한 경영합리화의 경우, 기업은 감량경영이나 새로운 기술도입을 추구할 것이고 이에 따라 인원정리(고용조정)는 매우 중요한 구조조정의 수단이 될 수밖에 없다. 경영권의 변경 없이 자체구조조정을 하는 경우나 경영위기로 인한 법정관리 혹은 인수합병 등 경영권의 변경이전이 있는 경우나 할 것 없이 이러한 가능성은 폭 넓게 존재한다.
따라서 구조조정은 현실적으로 근로자 보호와 무관하게 현실화되기 어렵고, 이러한 제약은 원활하고 효율적인 구조조정을 어렵게 만드는 애로요인으로 작용할 가능성이 매우 크다. 이해당사자인 근로자의 반발로 인한 구조조정의 저지 및 지연되거나, 또는 이를 감안한 보호조치로 인해 나타나는 기업 및 채권자들의 왜곡된 구조조정 방식의 결정 등 부작용을 가져올 가능성이 있기 때문이다.
정리해야 할 부분을 빨리 퇴출시켜야 함에도 불구하고, 실직을 우려한 기존 근로자의 반발 때문에, 경쟁력 없는 부문을 정리하지 못하고 전혀 효율적이지 못한 방향으로 문어발식 경영을 추구하게 되는 경우가 많다. 이것이 우리 기업이 차입경영에 의존하게 된 하나의 이유가 된 것이며, 이러한 결과로 결국 전체 그룹이 부도위기에 몰리게 되면 근로자 모두의 고용이 위태롭게 될 수 있다.