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협약 시행목적상 독성화학물질과 기타 관련 물질은 「화학물질 부속서」에서 목록 1, 목록 2 및 목록 3으로 분류되어 열거되고 있다. 그리고 각 목록은 독성화학물질과 원료에 따라 다시 A와 B로 구분된다. 비목록 화학물질 중에서 특히 불소, 인, 유황을 함유한 유기물질들은 특별하게 관리된다. <표 1>은 대표적인 독성 화학물질의 예를 보여 주고 있다.
목록 1은 무기용 이외의 용도로는 사용될 가능성이 희박한 화학물질로서 이에 해당하는 것으로 사린(sarin), 소만(soman) 및 타분(tabun) 등은 지금까지 잘 알려져 있다. 목록 2A는 목록 1에 포함되지 않은 매우 독성이 강한 치사 화학물질을 포함하며, 목록 2B는 목록 1에 속하는 화학물질을 생산하는 데 사용되는 원료물질들을 포함한다. 목록 3은 민수용으로 다량 생산되고 협약 목적에도 위해를 줄 가능성이 있는 이중목적의 화학물질로서 여기에는 포스겐(phosgene)을 비롯하여 17개 종류가 있다.
또한 협약이 발효된 후에도 화학분야의 발전에 따라 새로운 화학물질들이 계속 개발될 것이기 때문에 협약목적을 달성하기 위해서는 목록의 갱신은 불가피할 것이다. 따라서 CWC는 목록의 개정과 목록에 관한 지침의 개정에 대하여 규정을 두고 있다. 목록은 정해진 절차에 따라 변경될 수 있다. 목록 수정(changes)에는 목록의 추가 및 삭제, 목록간 변경과 지침의 수정, 추가 및 삭제 등이 해당된다. 당사국은 필요한 정보와 함께 목록수정안을 기술사무총장에게 제출하고 기술사무총장은 이를 신속히 모든 당사국과 집행이사회에 전달한다. 그리고 집행이사회가 수정안을 채택키로 결정하고 모든 당사국에 채택동의여부를 통지하며 90일내에 반대하는 국가가 없으면 수정안은 확정된다. 만약 집행이 사회가 기각하는 경우에는 차기 당사국총회에 중요의제로서 상정된다.