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IAEA 탈퇴절차(IAEA 헌장 18조)는 IAEA 가입 비준서 수탁국(受託國)인 미국에 서면통보하고 IAEA 사무국측의 탈퇴의사 확인으로 탈퇴효력이 발생된다. 그러나 IAEA와 당사국간에 체결된 안전조치협정은 당사국이 NPT 회원국으로 남아 있는 한 협정이 유효하다고 규정하고 있다.(안전조치협정 제26조)
그러므로 IAEA를 탈퇴하더라도 NPT 회원국으로 남아 있는 한 안전조치협정에 따라 IAEA 사찰을 받을 의무가 있고, IAEA에 핵활동을 보고해야 하며, IAEA는 당사국이 안전조치협정 위반시 제재조치를 취할 수 있다.
NPT를 탈퇴하면 안전조치협정도 자동적으로 파기되므로(안전조치협정 제 26조), IAEA의 사찰을 받을 의무가 없게 된다. NPT 탈퇴에 대한 법적인 제재조치는 없다. 그러나 NPT 탈퇴가 세계평화에 대한 위협으로 판단되면 UN 안보리에 의한 제재가 실행될 수 있다.(UN헌장 39조)
북한은 IAEA의 특별사찰 요구와 TS 재개를 이유로 내세워 `93.3.12. NPT 탈퇴를 선언했으나, `93.6.11. 1 단계 북·미 고위급회담시 NPT 탈퇴를 잠정 유보하기로 하였다. 그러나 북한은 `NPT 탈퇴 잠정유보`라는 「특수한 지위」를 내세워 북한의 16개 IAEA 신고시설에 대한 전면적인 사찰을 거부한 채 미국과의 실무회담 등을 통해 일부 시설에 대한 사찰만을 허용하였다. 예를 들어 IAEA가 3.3.∼3.14. 기간 동안 영변의 7개 시설에 대한 사찰을 실시하는 중에 북한은 방사화학실험실에 대한 사찰의 일부(시료채취)를 거부했다.
사찰 결과 안전조치협정 불이행(Non-Compliance)발생시 IAEA 사무총장은 이사회에 이를 보고하고, 이사회는 제재여부에 대한 결의안을 채택하며, 유엔안보리 및 총회와 모든 IAEA 가입국에 보고한다.(법적근거:IAEA 헌장 12조 C항, IAEA-UN간 관계협정 3조 2항)