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상술한 바와 같은 제도적 측면에서의 개선에도 불구하고, 지난 4년간 DSU를 운용하는 과정에서 그 강도가 낮기는 하지만 WTO 분쟁해결제도에 대한 비판의 목소리도 조금씩 들려오고 있다.
WTO가 너무 지나치게 법률적 접근방식에 의존하고 있는 것이 아니냐는 것이 그 첫번째 비판이다. GATT시대의 실용성과 신축성이 법률적 경직성으로 대체되어 가고 있는 분위기에 대한 우려의 목소리가 높아지고 있는 것이다. 교섭 중심의 관행을 기초로 외교관들이 주도하던 GATT시대와는 달리 법률 논쟁을 중심으로 법률전문가들이 WTO의 논의를 주도하는 분위기로 바뀌어가고 있는 것이다. 이러한 현실을 두고 WTO가 회원국 중심(member-driven) 체제에서 변호사가 주도하는(lawyer-driven) 체제로 변질되고 있다는 냉소적 비판도 나오고 있다.
둘째, WTO 분쟁해결 절차가 WTO 법체계에 대한 고도의 법률지식과 경험 및 전문성을 요구하고 있기 때문에 결과적으로 선진국에게 유리한 제도로 운용되고 있는 것이 아니냐는 지적이 있다. 개도국들은 WTO 법률전문가가 절대로 부족하기 때문에 미국·EC 등 선진국의 민간 변호사에 의존할 수밖에 없으며, 이를 위해 막대한 소송비용을 부담하고 있는 실정이다. 인적·물적자원 양면에서 이중고를 겪고 있는 것이다. 선진국 중에서도 정부내에 최고 수준의 WTO 법률전문가 그룹(in-house legal service)을 확보하고 있는 미국·EC 등을 제외하고는 여타 선진국들도 전문인력 측면에서 불리한 입장에 있기는 매한가지이며, 우리나라도 예외가 아니다.