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그는1835년 비글(Beagle)호를 타고 영국 밖으로 항해하다가 페루에서 떨어진 남아메리카의 갈라파고스(Galapagos) 섬에 도착하였다. 다양한 종류의 거북이나 조류를 보면서 감명을 받으면서 일반적인 거북이가 다른 형태의 거북이로 변했다고 보았던 것이다. 왜냐하면 선사시대의 거북이로 보이는 거대한 거북이를 발견하였기 때문이다. 그래서 만일 다른 형태의 거북이로 변할 수 있다면 다른 종의 동물로 생길 수 있다고 보았던 것이다. 그러나 비글의 공식박물학자는 매코믹이라는 군의관이었다.
20년간 자료를 수집하여 1859년 11월 24일 <종의 기원> 초판 1천 2백 50부를 런던에서 출판하였다. 진화론의 일곱 가지 기본 가정을 제시하였다.
첫째, 생명은 무생물에서 생물로 자연발생하였다.
둘째, 생명의 자연발생은 한번만 일어난다.
셋째, 바이러스, 박테리아, 식물과 동물은 모두 상호 연관된다.
넷째, 원생동물에서 후생동물이 나왔다.
다섯째, 여러 무척추동물은 상호 연관되었다.
여섯째, 무척추동물에서 척추동물이 나왔다.
일곱째, 어류에서 양서류, 양서류에서 파충류로, 파충류에서 조류나 포유류로 진화되었다.
2. `자연 도태` 란
다윈보다 24년 전에 에드워드 블리스가 먼저 자연도태설을 제안하였다.
다윈이 진화의 요인으로 제안한 자연도태설은
첫째, 생물은 종족을 유지하기 위하여 필요한 수보다 많은 자손을 만들며 이들 개체간에는 변이가 있다.
둘째, 개체간에 생존경쟁이 있다.
셋째, 개체변이 중에 환경에 적응한 것이 많이 살아남는다.(적자생존)
넷째, 개체변이가 자손에게 전해지고 오랜 세월에 걸쳐 사이에 변이가 생긴다.