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문제는 법원의 기판력이 원처분에 대한 헌법소원심판의 성립을 방해하는가의 이론적인 어려움에 있다기 보다는, 헌법재판소가 원처분에 대한 헌법소원을 인용할 경우에 사실상 발생하게 될 법원재판과 헌법재판소결정의 내용상 상호모순을 어떻게 이해할 것인가의 어려움에 있다고 보아야 한다. 헌법재판소가 법원의 재판을 헌법소원제도의 심판대상으로 인정하지 않는 이상, 거듭될 수밖에 없는 질문인 것이다.
경우를 두 가지로 나누어 생각할 수 있는데, 공권력의 행사 또는 불행사 자체를 직접 심판대상으로 하는 경우와 공권력의 행사 또는 불행사의 유·무효문제가 민·형사재판의 전제문제로 된 경우이다.
전자의 경우에 발생되는 법원재판과 헌법재판소결정의 모순문제는 헌법재판소가 헌법소원을 인용하는 경우, 즉 헌법재판소가 기본권주체인 청구인에게 유리한 결정을 할 경우에만 발생하게 된다는 점, 헌법소원의 보충성으로 인하여 법원재판을 모두 거친 뒤에 비로소 헌법재판소가 최종적으로 결정을 하게 된다는 점 등의 사실상의 이유와 헌법소원제도가 헌법재판으로서의 본질을 가진다는 점 및 헌법재판소의 인용결정은 헌법재판소법 제75조 제1항에 따라 ‘모든’ 국가기관을 기속한다는 점 등의 이론상의 이유로 헌법재판소의 결정이 법원의 재판에 우선한다는 주장이 가능하게 된다. 만일, 법원이 헌법재판소결정의 내용을 따르지 아니할 경우에는 ‘위법한 조세결정을 거듭하는 국세청과 거듭하여 조세결정을 취소하는 법원’과의 관계가 법원과 헌법재판소 사이에 형성되게 될 것이다.