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EST의 개발, 접근 및 이전을 촉진시키기 위하여 TRIPs협정을 보완해야 하는지 여부가 논의의 쟁점으로 등장하였다. 이러한 보완 관련 조문의 주요 내용을 살펴보면 다음과 같다. 첫째로 특허의 부여대상에 관한 제27조(특허대상)으로 제27조 1항은 특허의 보호대상이 될 수 있는 요건으로 신규성, 진보성, 산업상 이용가능성을 규정함. 동 2항은 특허의 대상에서 제외되는 요건으로 공공질서, 공중보건보호, 환경보호에 위반되는 발명, 동물 및 생물의 발명 등을 규정하고 있다. 동 3항(a)는 치료를 위한 진단방법, 요법 및 외과적 방법, 3항(b)는 본질적으로 생물학적인 식물 또는 동물의 생산을 위한 제법도 특허대상에서 제외될 수 있도록 하고 있으나 회원국은 특허 또는 효과적인 독자적 제도 또는 양자의 혼합을 통하여 식물변종(plant varieties)을 보호하여야 한다고 규정함. 이러한 규정은 발효일로부터 4년 후 재검토하게 되어 있다.
둘째, 강제실시권(Compulsory Licensing)에 관한 제31조(권리자의 승인 없는 기타 사용)으로 강제실시권은 지적재산권 소유권자의 허락없이 특허를 사용할 수 있도록 하는 조치를 의미한다. (b)항은 강제실시권은 사용예정자가 합리적인 상업적 조건하에 권리자로부터 승인을 얻기 위한 노력을 하고 이러한 노력이 합리적인 기간 내에 성공하지 못하는 경우에 행사할 수 있다고 규정하고 있다. 이러한 요건은 국가비상사태, 극도의 긴급상황 또는 공공의 비상업적 사용의 경우에 회원국에 의하여 면제될 수 있다.