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생체계에 있어서의 촉매반응이 일어난다고 하는 것에 대하여는 분비물에 의해서 고기가 소화 되거나, 전분이 타액이나 각종 식물 추출액에 의해서 당으로 변한다는 관찰을 통해서, 이미 18세기 초에 인정되었다. 그 후 생물학적 촉매반응(현재는 이것이 효소반응이라는 것이 밝혀졌다.)에 관한 많은 예가 보고되었다. 1850년대에 Louis Pasteur는 효모에 의해서 당이 발효되어 알콜이 생성되는 반응이 “발효계”에 의해서 촉매된다고 생각했다.그는 발효계[후에 효소(Enzyme)라고 명명 되었다.]가 살아있는 효모세포의 구조로부터 분리할 수 없는 것이라고 하는, 수년동안 지배적으로 시인되었던 견해를 발표하였다. 한편, 1897년에 Eduard Buchner가 효모세포로부터 당을 발효시켜 알콜을 만드는 반응을 촉매하는 일련의 효소를 가용성이며, 활성을 갖는형태로 추출하는데 성공한 것은 생화학 사상 획기적인 이정표가 되었다. 이 발견은 중요한 에너지대사 공급 경로를 촉매하는, 이 중요한 효소군이 생체세포의 구조로부터 제거되더라도 변함없이 작용할 수 있다는 것을 보여준 것으로, 이러한 발전은 또한 생화학자들에게 좋은 자극이 되어, 각양각색의 효소를 분리하여 그의 촉매에 대한 성질을 알아보도록 하는데 용기를 주었다.
20세기에 들어서서 Emil Fischer는 효소의 특징에 관해서 최초로 계통의 연구를 싯시하였다. 다른 사람들은 효소활성에 대해서 속도론적으로 연구하여 효소작용에 관한 이론을 세웠다. 그러나 효소를 순수한 결정형으로 분리한 것은 1926년이었다. 이것이 Urease로서 코넬대학의 James Sumner에 의해 콩의 추출물에서 분리된 것이었다. Sumner는 이 Urease결정이 단백질만으로 구성되어 있다는 것을 알아냄과 동시에 보든 효소는 단백질이라고 생각하게 되었다.