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아이는 부모가 깨어 있는 동안 계속해서 거의 쉬지 않고 울어댄다. 많은 유아들이 머리를 많이 움직이고 요람에 머리를 부딪치지만 모든 아이가 다 그러는 것은 아니다. 태어나서 처음 몇 년 동안 어떤 자폐 아동은 평균적으로 다른 아이들보다 더 빨리 말하기나 기기, 걷기도 하지만 대부분 현저히 늦어지는 아이들이 많다.
소아기 동안 자폐 아동은 의사소통이나 사회적인 기술, 그리고 인식력 등이 같은 또래의 아이들에 비해 뒤떨어진다. 또한 반복적인 행동 (self-stimulatory behavior, 흔들거나 손을 찰싹 때리는 행동처럼 특정한 목적이 없이 반복적으로 하는 행동), 자해(self-injury, 손가락 물어뜯기나 머리를 부딪치는 행동 등), 수면이나 음식 문제들, 눈맞춤이 없고 고통을 못 느끼거나 과잉-과소 행동, 주의력 부족 등의 이상행동이 나타나기 시작한다.
자폐증에서 아주 흔한 특징 중의 하나는 동일성에 대한 고집 또는 고집스러운 행동이다. 많은 아이들이 일상생활을 정해진 대로만 하려고 하며, 조금이라도 거기서 벗어나면 마음이 혼란해지고 격노하게 된다. 흔한 예로는 매일 식사 때 같은 음식만 먹고 마시거나, 같은 색깔로 된 옷을 입거나 다른 사람에게도 그 색깔만 입도록 주장하고 학교를 같은 길로만 가려고 한다. 이러한 동일성의 고집이 나타나는 이유 중 하나는 일상의 상황에 대해 이해 할 수 없고 거기에 잘 맞추어 나가지 못하기 때문이다. 가장 특징적인 자폐증후의 하나는 사회 행동에서의 기능장애이다.