[공학]실험보고서 - Plasmid 분리 실험 & Agarose gel을 이용한 plasmid 전기영동

Plasmid 분리 실험 & Agarose gel을 이용한 plasmid 전기영동

1. Purpose

E.coli를 배양해 플라스미드를 분리하고, 분리한 플라스미드를 직접 만든 Agarose gel을 이용하여
전기 영동한다.

2. Introduction

Plasmid DNA 분리의 원리
주로 mini-prep이라고 부르는 이 방법은 plasmid DNA를 소량 분리하는 방법이다. 가장 보편적으
로 사용되는 방법인 Alkali lysis method이다. 기본적인 원리는 그림에서 보듯이 세균의 cell wall과
cell membrane을 부수고 DNA 만을 분리하는 것이다. 이 때 중요한 것은 세균이 원래 가지고 있는
chromosomal DNA와 plasmid DNA를 구분하여 분리하는 것이다. 이 둘은 모두 DNA이므로 성질이
비슷하기 때문에 구분하여 분리하기가 쉽지 않다. 다행히 chromosomal DNA는 분리 과정에서
linear 형태가 되고 크기가 상당히 크기 때문에 이런 성질의 차이를 이용하면 분리할 수 있다. Alkali
lysis method 의 핵심 원리는 다음과 같다.
1. 세포벽을 깬다. 이 때 세포막은 유지되도록 한다. 세포벽을 군데군데 무너뜨리는 물질은 EDTA이며, 이때…(생략)

3. pH를 급격히 7.0까지 복구시키면 크기가 작고 supercoiled form을 유지하고 있던 plasmid는 비교적 renaturation이 잘 되지만, chromosomal DNA는 미처 renature되지 못하고 엉기게 된다. 이렇게 엉긴 chromosomal DNA를 원심분리로 제거한다. 그러면 상층액에 plasmid DNA가 있게 된다.